矿物质(包括微量元素)之间及与其他营养素之间的关系错综复杂，十分微妙，在特定条件下既有协调关系又有制约关系，甚至还有拮抗系。
例如，钙和磷共同构成牙齿和骨骼，但钙磷比例必须适当，如果磷过多，会妨碍钙的吸收。血液内钙、镁、钾、钠等离子的浓度必须保持适当比例，才能维持神经肌肉的正常兴奋性。膳食钙过高会妨碍铁和锌的吸收，锌摄人过多又会抑制铁的利用。
硒对氟有拮抗作用，大剂量硒可降低氟骨症病人骨骼中的氟含量。硒和维生素E互相配合，可抑制脂质过氧化物的产生。
蛋白质对微量元素在体内的运输有很大作用，例如，铜的运输靠铜蓝蛋白，铁的运输靠运铁蛋白。锌参与蛋白质合成，锌缺乏影响儿童生长发育。碘是甲状腺素的组成成分，而甲状腺素是调节人体能量代谢的重要激素，对蛋白质、脂肪和碳水化合物的代谢有促进作用。